La tradizione sulla presenza e martirio di Pietro a Roma è tanto radicata che pochi storici moderni l'hanno messa in dubbio; a questo si aggiunge il fatto che nessuna altra Chiesa ha rivendicato la morte di Pietro. Tuttavia, si è osservato che la tradizione appare in forma scritta solo alla fine del II secolo e l'idea di Pietro come primo vescovo di Roma compare nella letteratura solo all'inizio del III secolo; inoltre né Clemente (96 d.C.) né Ignazio di Antiochia (circa 100 d.C.) confermano esplicitamente il martirio di Pietro a Roma, anche se la cosa potrebbe spiegarsi con il fatto che la cosa era nota a tutti[67].
A sostegno della presenza di Pietro a Roma si pronunciano anche importanti storici di area protestante; tra questi il teologo e storico protestante Adolf von Harnack che si espresse con queste parole: "Il martirio di S. Pietro a Roma è stato negato dai tendenziosi pregiudizi protestanti ed in seguito dai preconcetti dei critici partigiani... Non vi è studioso che attualmente esiti a riconoscere che questo fu un errore"[68][69]. Anche il teologo luterano e storico Oscar Cullmann, pur negando il concetto di successione apostolica, non nega che Pietro sia stato a Roma e lì sia stato martirizzato[70].
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